קשיות המים הקיימים במדינה ובכללי הם האויב הגדול של מכנות הקפה, האבנית מצטברת על הדוד/ גוף חימום, מצטברת במעברי הצינורות ומשפיעה לרעה גם על איכות הטעם של הקפה וגם פוגעת בביצועי המכונה, עד כדי השבתה בטווח הארוך.
לכן, מומלץ אחת ל 3-4 חודשים לבצע ניקוי אבנית למכונת הקפה שלכם.
לא מומלץ להשתמש בחומרים כגון מלח לימון או חומץ, היצרנים מציינים ובצדק, שחומרים אלו עלולים לפגוע במכונת הקפה שלכם. חלק מהיצרנים אף מסירים את האחריות למכונה שלכם, באם תשתמשו בחומרים אלו. לכן הקפידו להשתמש במוצרים תקניים ומאושרים למכונות הקפה שלכם.